Berlatar di Jepang zaman modern saat ini, “House of Ninjas” menceritakan kisah keluarga Tawara, merupakan klan ninja Iga terakhir keturunan Hanzo Hattori .
Mereka telah meninggalkan akar mereka dan pensiun menjadai orang biasa setelah sebuah insiden di masa lalu, Namun sekarang keluarga tersebut harus kembali menjadi shinobi demi menghadapi krisis terbesar dalam sejarah Jepang, yang mengancam untuk mengguncang negara hingga ke intinya.
